Ghostscript は El Capitan のヒラギノを扱えないようです。

El Capitan のヒラギノは、JIS90 字形対応フォントと JIS2004 字形対応フォントを束ねたもののようで、現行の Ghostscript では使えないようです。

Yosemite から El Capitan に移行する際には、ヒラギノフォント一式を

/usr/local/texlive/texmf-local/fonts/opentype/hiragino/

このあたり(OS が探さない場所)に複製しておくことをお勧めします。