新しく購入した MacBook（El Capitan）でようやく inDesign CS6 が立ち上がったので、メモ。
プレビューで開いて「PDF として書き出す...」
フォントを埋め込んでいない PDF ファイルをプレビューで開いて「PDF として書き出す...（Export as PDF...）」を実行すると、フォントが埋め込まれた PDF ファイルが生成されますが、この処理を CUI で実行する方法を探してきました。
Distiller X も El Capitan のヒラギノを扱えないようです。
Ghostscript のみならず Distiller X も El Capitan のヒラギノを扱えないようです。ただ、Adobe Creative Suite 6（CS6）には、小塚フォント一式が付属していますので、それを一時的に利用すれば、一応 El Capitan でもヒラギノを埋め込んだ PDF ファイルを作れそうです。
El Capitan 用 Ghostscript 9.18（仮）
XQuartz が El Capitan に対応したので、El Capitan 用の Ghostscript 9.18 バイナリ（gv 付き）をアップしました。
OTC から OTF を抽出（自動化）
OTC から OTF を抽出
FontForge を使えば、新しい（拡張子が ttc の）ヒラギノから単体の（拡張子が otf の）ヒラギノを抽出できるようです。
Artifex GSView 6.0（Mac 用）
Windows 版に引き続き、Mac でも GSView 6.0 を試してみました。
Ghostscript 9.18 も El Capitan のヒラギノを扱えないようです。
10 月 5 日付で Ghostscript 9.18 がリリースされましたが、残念ながら、と言うか当然ながら El Capitan のヒラギノには対応していないようです。
Ghostscript は El Capitan のヒラギノを扱えないようです。
El Capitan のヒラギノは、JIS90 字形対応フォントと JIS2004 字形対応フォントを束ねたもののようで、現行の Ghostscript では使えないようです。
El Capitan フォントリスト
下記は、El Capitan に含まれているフォント一覧です。JIS90 字形対応版ヒラギノが全滅してしまったので、El Capitan をインストールする前に、少なくともヒラギノフォント一式はバックアップを取っておくことをお勧めします。